A história se passa dois anos e meio após a partida de Uzumaki Naruto para um treinamento com o Sannin Jiraiya para fora de Konoha. Após seu retorno, Uzumaki Naruto e sua equipe, agora em nova formação, engajam em uma investigação da organização de criminosos e ninjas renegados Akatsuki, e de um possível resgate de Uchiha Sasuke, agora sob comando de Orochimaru. O principal empecilho de Uzumaki Naruto, e Konoha, em Naruto:  Shippuden é a Akatsuki, que procura capturar todos os Jinchuurikis.Naruto Uzumaki é um menino que vive em Konohagakure no Sato ou simplesmente Konoha ou Vila Oculta da Folha, a vila ninja do País do Fogo. Quando ainda bebê, Naruto teve aprisionada em seu corpo a Kyuubi no Youko por Minato Namikaze (quarto Hokage, e seu pai), com a finalidade de salvar a Vila da Folha. Desde então, Naruto é visto por muitas pessoas como um monstro, não só pelos familiares das pessoas mortas pela Kyuubi, mas também por pessoas que não toleram suas brincadeiras, já que o mesmo é extremamente hiperativo, incompreendido e solitário. Naruto sonha em se tornar o Hokage de sua vila, um ninja poderoso e respeitado, para assim poder ser reconhecido por todos.
Ele entra na academia ninja, onde sofre com as notas baixas, mas é ajudado por seu professor, Iruka Umino, que posteriormente se torna seu amigo. Consegue finalmente se tornar Gennin, e a partir daí passa a ser ensinado por um Jounin, Kakashi Hatake, e forma uma equipe com Sasuke Uchiha (que no começo não se dão bem) e Sakura Haruno, sua grande paixão.

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